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PubMed検索チュートリアル

概要

このチュートリアルでは、Claude Desktop + MCPを使用してPubMed（医学・生物学分野の論文データベース）を効率的に検索する方法を学びます。Python製のMCPサーバーをDockerで実行し、Claude Desktopから直接PubMed検索を行えるようにします。

学習目標

このチュートリアルを完了すると、以下のことができるようになります：

  • 🔧 PubMed MCPサーバーのセットアップ ができる
  • 🔍 効率的な文献検索 をClaude Desktopから直接実行できる
  • 📊 検索結果の整理と分析 をAIアシスタントに任せられる
  • 🚀 研究ワークフローの自動化 への第一歩を踏み出せる

前提条件

PubMed MCPサーバーのセットアップ

1. リポジトリのクローン

まず、このチュートリアルのリポジトリをクローンします：

git clone https://github.com/fuku-inc/life-science-agent-tutorial.git
cd life-science-agent-tutorial/tutorials/02-mcp-server/claude-desktop/pubmed-search

2. Dockerイメージのビルド

PubMed MCPサーバーのDockerイメージをビルドします：

docker build -t pubmed-mcp-server .

初回ビルド時の注意

初回ビルド時は依存パッケージのダウンロードが行われるため、数分かかる場合があります。

3. Claude Desktopの設定

Claude Desktopの設定ファイルを開きます：

open ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json

%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

設定ファイルの mcpServers セクションに以下の設定を追加します：

既存の設定を保持する

すでに他のMCPサーバーの設定がある場合は、既存の設定を削除せずに、pubmed の設定を追加してください。

{
  "mcpServers": {
    // 既存の設定があればそのまま残す
    "pubmed": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {}
    }
  }
}

4. Claude Desktopの再起動

設定を反映させるため、Claude Desktopを再起動します。

基本的な検索操作

キーワード検索

Claude Desktopで以下のように入力してみましょう：

COVID-19のmRNAワクチンに関する2023年以降の論文を5件検索してください

MCPサーバーが自動的にPubMedにアクセスし、検索結果を返します。

検索結果の確認

検索結果には以下の情報が含まれます：

  • 論文タイトル
  • 著者リスト
  • 掲載誌名
  • 出版年
  • PMID（PubMed ID）
  • アブストラクト（要約）

高度な検索テクニック

著者名検索

特定の著者の論文を検索：

山中伸弥の最新の論文を10件検索してください

期間指定検索

特定期間の論文を検索：

2022年から2024年の間に発表されたCRISPR技術に関する論文を検索してください

MeSHタームの活用

MeSH（Medical Subject Headings）を使った精密検索：

MeSHターム "Diabetes Mellitus, Type 2" を使って糖尿病の最新治療法に関する論文を検索してください

検索結果の整理と活用

要約の作成

検索した論文の主要な発見を箇条書きでまとめてください

研究トレンドの分析

検索結果から、この分野の研究トレンドを分析してください

引用情報の整理

検索した論文の引用情報をAPA形式でリストアップしてください

実践演習

演習1: COVID-19関連論文の検索

以下の課題に取り組んでみましょう：

  1. COVID-19の長期後遺症（Long COVID）に関する最新の総説論文を5件検索
  2. 検索結果から主要な症状と治療法をまとめる
  3. 今後の研究課題を3つ挙げる

演習2: 特定著者の研究追跡

  1. あなたの研究分野の著名な研究者を1人選ぶ
  2. その研究者の過去3年間の論文を検索
  3. 研究の変遷や新しい方向性を分析

トラブルシューティング

設定が反映されない

  1. Claude Desktopを完全に終了（メニューから「Quit」を選択）
  2. 設定ファイルのJSON構文を確認
  3. Claude Desktopを再起動

ログの確認

問題が解決しない場合は、Claude Desktopのログを確認してください。MCPサーバーのエラーメッセージがそこに表示されます。

まとめ

このチュートリアルでは、以下のことを学びました：

  • ✅ PubMed MCPサーバーのDocker環境での構築
  • ✅ Claude Desktopとの連携設定
  • ✅ 効率的な文献検索の実践
  • ✅ 検索結果の整理と活用方法

これらのスキルを活用することで、研究に必要な文献調査の時間を大幅に短縮できます。

次のステップ

  • 他のデータベース（UniProt、ChEMBL）のMCPサーバーも試してみる
  • 複数のMCPサーバーを組み合わせて使用する
  • 独自のMCPサーバーを開発する（レベル3へ）

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