ライフサイエンスデータベース¶
AIエージェントを活用して効率的にアクセスできる主要なライフサイエンスデータベースを紹介します。
📚 文献データベース¶
PubMed¶
- 概要: 生物医学文献の世界最大のデータベース
- 収録内容: 3,500万件以上の論文
- AIエージェント活用例:
- 特定の遺伝子に関する最新論文の自動収集
- 研究トレンドの分析
- 関連論文の推薦
PMC (PubMed Central)¶
- 概要: フルテキストアクセス可能な論文アーカイブ
- 収録内容: 900万件以上のフルテキスト論文
- AIエージェント活用例:
- 図表データの抽出
- メソッド部分の比較分析
🧬 配列・構造データベース¶
UniProt¶
- 概要: タンパク質配列と機能情報の統合データベース
- 収録内容: 2億件以上のタンパク質エントリー
- AIエージェント活用例:
- タンパク質機能予測
- ホモログ検索と比較
- 変異の影響予測
PDB (Protein Data Bank)¶
- 概要: タンパク質・核酸の3次元構造データベース
- 収録内容: 20万件以上の構造データ
- AIエージェント活用例:
- 構造類似性検索
- ドッキングシミュレーション用データ収集
GenBank¶
- 概要: 遺伝子配列データベース
- 収録内容: 2,500億塩基以上の配列データ
- AIエージェント活用例:
- 配列アラインメント
- プライマー設計支援
💊 化合物・薬物データベース¶
ChEMBL¶
- 概要: 生物活性化合物データベース
- 収録内容: 230万件以上の化合物、1,900万件以上の活性データ
- AIエージェント活用例:
- 化合物の標的予測
- 構造活性相関分析
- ドラッグリパーポージング
DrugBank¶
- 概要: 薬物情報の包括的データベース
- 収録内容: 15,000件以上の薬物エントリー
- AIエージェント活用例:
- 薬物相互作用予測
- 副作用情報の収集
PubChem¶
- 概要: 化学物質と生物活性のデータベース
- 収録内容: 1億件以上の化合物、3億件以上の物質
- AIエージェント活用例:
- 類似化合物検索
- 物性予測
🧫 疾患・遺伝子データベース¶
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)¶
- 概要: ヒト遺伝子と遺伝性疾患のデータベース
- 収録内容: 26,000件以上の遺伝子、9,000件以上の疾患
- AIエージェント活用例:
- 疾患関連遺伝子の探索
- 表現型と遺伝子型の関連付け
ClinVar¶
- 概要: 臨床的意義のある変異データベース
- 収録内容: 250万件以上の変異情報
- AIエージェント活用例:
- 変異の病原性予測
- 臨床判断支援
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)¶
- 概要: 遺伝子、タンパク質、代謝パスウェイの統合データベース
- 収録内容: 550以上の生物種、19,000以上のパスウェイ
- AIエージェント活用例:
- パスウェイ解析
- 代謝ネットワーク構築
🔧 AIエージェントでの活用方法¶
統合検索¶
複数のデータベースを横断的に検索し、関連情報を統合的に収集できます。
自動更新¶
定期的に新しい情報をチェックし、研究に関連する最新データを通知できます。
データ分析¶
収集したデータから傾向を分析し、新しい知見を発見できます。
📝 使用上の注意¶
- 各データベースの利用規約を確認してください
- 大量のデータ取得時はAPIの制限に注意してください
- 商用利用の場合はライセンスを確認してください
- データの最終確認は必ず原著を参照してください